Вопрос о половой принадлежности становится решающим только в том случае, если от хомяков хотят или, наоборот, не хотят получить потомство.
Чтобы определить пол хомячка, необходимо осторожно взять животное за кожу загривка и поднять. В этом случае зверек сразу вытягивает задние лапки. В этом случае можно установить различие между половым и анальным отверстиями.
У молодняка самцов уже в четырехнедельном возрасте отчетливо видны яички, находящиеся у корня хвостика. У самок расстояние между влагалищным и анальным отверстиями значительно меньше, чем у самцов. К тому же, у самок эта зона в большинстве случаев не покрыта мехом. Половозрелых особей можно различать по тому, что у самцов постоянно влажное брюшко из-за активной работы желез.